Desde 1996 se organiza el Master en SIDA que se realiza en colaboración con la Facultad de Medicina de la Universidad Complutense de Madrid (Prof. Arturo Fernández-Cruz) y el Servicio de Inmunología del Hospital Gregorio Marañón (Prof. Eduardo Fernández-Cruz).

El master consta de un total de 500 horas (300 teóricas, y 200 prácticas) distribuidas a lo largo de dos años. Además, cada alumno debe realizar una tesina que presenta como proyecto de fin del master y que consiste en la realización de un trabajo de investigación desarrollado en el Hospital Carlos III o en el Hospital Gregorio Marañón.

Cada año se matricula una media de 25 alumnos y se otorgan entre 15 y 20 becas que cubren el importe total de la matrícula.